屋顶自然通风器的自然通风原理是：在压差推动下的空气流动，根据压差形成的机理，屋顶自然通风器在风压作用下和热压作用下有不同区别。

1. 1，当有风从左边吹向建筑时，建筑的迎风面将受到空气的推动作用形成正压区，推动空气从该侧进入建筑；而建筑的背风面，由于受到空气绕流影响形成负压区，吸引建筑内空气从该侧的出口流出，这样就形成了持续不断的空气流，成为风压作用下的自然通风屋顶通风器。

2. 2，当室内存在热源时，室内空气将被加热，密度降低，并且向上浮动，造成建筑内上部空气压力比建筑外大，导致室内空气向外流动，同时在建筑下部，不断有空气流入，以填补上部流出的空气所让出的空间，这样形成的持续不断的空气流就是热压作用下的自然通风屋顶通风器。

   3，由于屋顶自然通风器系统运行的动力来自于自然界的自然过程，因此该技术自古以来就是一种免费的自然通风排烟技术。